Ele conta a história de Jaden Yuki, um jovem que sonha em se tornar o melhor duelista do mundo e ingressa na academia, onde vai para o dormitório Slifer Vermelho em decorrencia de suas notas baixas. Antes do duelo de admissão, ele esbarra acidentalmente em ninguém menos que Yugi Moto, de quem recebe o "Kuriboh Alado" para dar sorte. Ao entrar na academia, Jaden começa a viver aventuras surpreendentes ao lado de seus novos amigos, sempre disposto a um bom duelo.
1ª TEMPORADA - INÍCIO DA VIDA ESTUDANTIL/CAVALEIROS DAS SOMBRAS
É onde tudo começa, com os primeiros duelos de Jaden e seus amigos na academia até eles serem escolhidos para proteger o mundo da ameaça de Kagemaru e seus Cavaleiros das Sombras.
Protagonistas: Jaden Yuki, Syrus Truesdale, Alexis Rhodes, Bastion Misawa, Chazz Princeton, Zane Truesdale, Chumley Huffington, Vellian Crowler
Antagonistas: Mortalha da Noite (Atticus Rhodes), Camula, Tania, Don Zaloog, Abidos III, Titã, Amnael (Lyman Banner), Kagemaru
2ª TEMPORADA - SOCIEDADE DA LUZ
Começa com a entrada de Aster Phoenix na academia. Considerado por Pegasus o 4º melhor duelista do mundo, ele derrota Zane na pró-liga e em seguida Jaden. Mais tarde é revelado que ele estava sendo usado por seu agente, Sartorius, para derrotar Jaden e fazê-lo se juntar à sua sociedade secreta, a Sociedade da Luz, com a qual ele tinha o objetivo de dominar o mundo. Porém é descoberto que Sartorius estava possuído por uma entidade alienígena chamada "Luz da Destruição", a qual só poderia ser extinta por um "Duelista Escolhido", a quem Sartorius tentava achar e controlar para não arruinar seus planos.
Além de ter que enfrentar essa nova ameaça, Jaden vai, ao lado de seus amigos Syrus (que havia sido promovido a Ra Amarelo) e Tyranno Hassleberry (novo aluno, estudante do Ra), ter que resgatar seus amigos Chazz, Alexis e Bastion, que haviam sofrido lavagem cerebral e se juntado a Sociedade; Aster Phoenix abandona Sartorius, passando a lutar indiretamente ao lado de Jaden, ainda com o objetivo de achar o responsável pela morte de seu pai e reaver a carta do Destino roubada (que era o "Herói do Destino - Plasma"), bem como Atticus, que também queria descobrir o porquê de Zane ter se tornado um duelista das trevas após a derrota para Aster. Nessa temporada, Jaden completa seu baralho de heróis com a adição dos Neo-Espaciais e do símbolo de seu baralho, o "Herói Elementar Neos".
Protagonistas: Jaden, Syrus, Hassleberry
Aliados: Aster Phoenix e Atticus Rhodes
Antagonistas menores: D, Chazz, Alexis, Bastion, Príncipe Ojin, Brigada da Luz, Sarina (que mais tarde torna-se aliada)
Antagonistas: Sartorius, Luz da Destruição
3ª TEMPORADA - 12 DIMENSÕES
Ela começa com a chegada de quatro novos alunos de intercâmbio: Adrian Gecko, Axel Brodie, Jim Crocodile Cook e Jesse Andersen (dono do lendário baralho "Feras de Cristal"), bem como do misterioso e maléfico professor do Sul, Thelonius Viper. A academia agora tinha novos alunos, dos quais se destacavam Blair Flannigan (que já havia aparecido na primeira temporada) e Marcel Bonaparte (filho do vice-chanceler de Crowler, Jean-Louis Bonaparte), que foi possuído por um espírito maligno após a derrota de Viper para Jaden, fazendo toda a academia de duelos ser levada para outra dimensão.Conforme a temporada segue, os alunos tem que escapar dessa dimensão e deter Marcel, quando descobrem que a causadora de tudo era um espírito chamado Yubel, antiga carta de Jaden. Jesse fica preso na outra dimensão após completar seu baralho com o "Dragão Arco-Íris" e é possuído por Yubel. Jaden vai até essa dimensão disposto a salvar Jesse e acaba sendo dominado por suas próprias trevas, tornando-se o implacável Rei Supremo (Haou Judai no original). Após voltar ao normal, Jaden tem um duelo decisivo com Yubel onde, entendendo os motivos da obcessão da mesma e para salvar as 12 dimensões de se fundirem para sempre, funde sua alma com a dela com a Super Polimerização.
Protagonistas: Jaden, Syrus, Alexis, Hassleberry, Chazz, Atticus, Jesse
Aliados: Crowler, Bonaparte, Aster, Zane, Echo (amiga de Adrian), Blair, Marcel, Pegasus, Sheppard, Jim, Axel, Tania, Bastion
Antagonistas: Yubel, Adrian, Rei Supremo
4ª TEMPORADA - FORMATURA
Após os eventos na outra dimensão, Jaden está mais velho e sério, perdendo o espírito de diversão que sempre esteve com ele nos duelos. Junto com Yubel, ele tem que enfrentar as verdadeiras Trevas, que estão tentando consumir o mundo por meio do ressentimento dos espíritos de duelo abandonados, bem como através do aluno desaparecido da Academia, Yusuke Fujiwara. A trama final envolve os duelos de Jaden contra os agentes de Darkness, o que será feito do futuro de cada um de seus amigos após a formatura, bem como a batalha final onde, após a mesma e a formatura, Jaden é levado indiretamente ao passado por Yugi para um verdadeiro duelo de formatura.
Protagonistas: Jaden, Syrus, Alexis, Chazz, Hassleberry, Blair
Aliados: Zane, Aster, Crowler, Sheppard, Jesse, Axel, Sartorius, Kagemaru
Antagonistas: Yusuke Fujiwara, Trueman, Nightshroud (Darkness)
Baseado no final do anime, teremos uma nova fic que vem após todos esses eventos.
A nova fic sobre o anime, "Segundo Torneio GX", irá contar o que foi feito de Jaden e sua turma após a formatura na Academia de Duelos, além de mostrar mais pra frente o encontro deles com pessoas muito especiais. Durante a fic, eles além de rever seus velhos amigos, eles também tem que lidar com novos e antigos sentimentos.
